Abundancia y estructura poblacional de Crocodylus acutus (Reptilia: Crocodylidae) en la laguna Palmasola, Oaxaca, México / Population ecology of Crocodylus acutus (Reptilia: Crocodylidae) in Palmasola lagoon, Oaxaca, Mexico

Abundance and population structure are important parameters to evaluate and compare the conservation status of a population over time in a given area. This study describes the population abundance and structure of Crocodylus acutus in Palmasola lagoon, Oaxaca. The field works consisted of night surveys during the new moon phase, between the 21:00 and 24:00h. These were conducted during the dry and wet seasons and counted the number of individuals to obtain population estimates. Recorded encounter rates ranged from 32 to 109.3ind./ km in 40 journeys deployed with an average time of 18 minutes browsing. The estimated population size using the Messel´s model ranged from 32.7 to 93 individuals. For both seasons, there was a marked dominance of subadults, followed by juveniles and to a lesser extent adult individuals, as well as undetermined individuals (i.e. unknown body/size/length), in both seasons. There was also a significant association with mangrove areas (26.1%) by juveniles; the subadults´s individual use of superficial water (22.7%) and mangrove areas (15.7%); meanwhile the adults were observed on superficial water (9.7%). This information contributes to our understanding of the population ecology of C. acutus in the Palmasola lagoon where the estimated population size seems to show higher values when compared to other reports in the country.

La abundancia y estructura poblacional son pará-metros importantes para evaluar y comparar el estatus de conservación de una población a través del tiempo en un área determinada. Este estudio describe la abundancia y estructura poblacional de Crocodylus acutus en la laguna Palmasola, Oaxaca. El trabajo consistió en recorridos nocturnos, entre las 21 y 24h, durante la fase de luna nueva para contabilizar el número de individuos y obtener estimaciones poblacionales. El tamaño poblacional estimado fluctuó de 32.7 a 93 individuos según el modelo utilizado. Las tasas de encuentro registradas fluctuaron de 32 a 109.3 ind/km lineal durante los 40 recorridos efectuados con un tiempo promedio de navegación de 18 minutos. Existió una marcada dominancia de la clase III (subadultos), seguido por la clase II y en menor proporción las clases IV y V, así como aquellos individuos en los que no se pudo determinar el tamaño corporal, en ambas épocas del año. Mientras tanto, los individuos juveniles (Clase II) se observaron en mayor proporción asociados al manglar que cubre las orillas del cuerpo de agua (26.1%), los individuos subadultos (Clase III) a menudo se observaron sobre el espejo de agua sin vegetación flotante (22.7%) y entre el manglar que cubre las orillas del cuerpo de agua (15.7%), mientras que los ejemplares adultos se observaron con mayor frecuencia sobre el espejo de agua sin vegetación flotante (9.7%). Con la presente información se contribuye al conocimiento de la ecología poblacional de C. acutus en la laguna Palmasola donde el tamaño poblacional estimado parece mostrar valores altos con respecto a lo reportado en otros estados de la República Mexicana.

Vocal patterns of adult females and juveniles Caiman yacare (Crocodilia: Alligatoridae) in Brazilian Pantanal wetland / Patrones de vocalización de jóvenes y hembras adultas de Caiman yacare (Crocodilia: Alligatoridae) en el Pantanal de Brasil

The Paraguayan caiman (Caiman yacare) is the main Caimaninae species occurring in the Brazilian Pantanal Wetland. Despite the relative availability of works focused on biology and conservation of the Paraguayan caiman, almost nothing is known about its vocal structure and behavior. We recorded aggressive calls of adult caiman females guarding nests and, afterwards, the distress calls of the new born juvenile caimans in seasonally flooded areas of the Nhecolândia (Southern Pantanal). The results of both observations and sonographic analyses diverged from studies with other crocodilian species. Aggressive vocalization of adult females of the Paraguayan caiman was longer and more complex than the same vocalization of larger Alligatoridae species. Vocalizations of the young caimans presented interspecific differences with other crocodilian offsprings. Moreover, we found statistically significant intraspecific variation in the distress call structure among different pods, even separated by few kilometers. Differences in distress call structure were tested by Canonical Discriminant Analysis (CDA). We obtained the squared Mahalanobis distances between the acoustic multivariate spaces of each pod provided by the CDA and compared with the geographic distance between the bays of origin of each pod through Mantel Test. The geographic distance by itself did not explain the differences found in the structure of the vocalization of young caimans from different pods. The adult females of Paraguayan caiman positively responded to playbacks of calls from juvenile caimans from pods of other regions, as well as to rough imitations of distress call. Since the adult caimans showed protective responses to quite heterogeneous vocalizations of distress by juveniles, we hypothesized that the variation in the distress call pattern may be associated to a low specificity in sound recognition by adult caimans.

Poco se conoce sobre la estructura vocal del Caiman yacare del Pantanal brasileño. Llamadas agresivas de hembras adultas que cuidaban de los nidos fueron registradas durante enero y febrero y llamadas de socorro de caimanes jóvenes, en abril de 1992. Hembras adultas de C. yacare presentaron una vocalización agresiva más larga y compleja que en otras especies más grandes de Alligatoridae. Las vocalizaciones de los jóvenes caimanes también presentaron diferencias interespecíficas con otros cocodrilos y variaciones intraespecíficas entre grupos separados por pocos kilómetros. Se utilizó la Prueba de Mantel para comparar las distancias de Mahalanobis entre la estructura de las vocalizaciones de los jóvenes de acuerdo con sus grupos y las distancias geográficas donde ellos estaban. La distancia geográfica en sí no explica las diferencias en las vocalizaciones de jóvenes de diferentes grupos. Hembras adultas de C. yacare han respondido a grabaciones de llamadas de caimanes de grupos de otras regiones, así como a imitaciones de llamada de socorro. Se postula que las variaciones en las llamadas de socorro pueden estar asociadas con una baja especificidad en el reconocimiento de sonido por caimanes adultos que han respondido de la misma forma protectora a las más heterogéneas expresiones de peligro de los jóvenes.

Population assessment of the American crocodile, Crocodylus acutus (Crocodilia: Crocodylidae) on the Pacific coast of Costa Rica

The American crocodile, Crocodylus acutus, is widely distributed in the American neotropics. It is endangered throughout most of its range and is listed as vulnerable by the International Union for the Conservation of Natural Fauna and Flora (IUCN) and on Appendix I of the Convention for the International Trade in Endangered Species of Wild Flora and Fauna (CITES). Despite this listing, there are few published reports on population status throughout most of its range. We investigated the status of the C. acutus, at several locations along the Pacific coast of Costa Rica. We carried out spotlight and nesting surveys from 2007-2009 along the Costa Rican Pacific coast in four distinct areas, coastal areas of Las Baulas (N=40) and Santa Rosa (N=9) National Parks and the Osa Conservation Area (N=13), and upriver in Palo Verde National Park (N=11). We recorded crocodile locations and standard environmental data at each observation. Encounter rates, population structure, distribution within each area and data on successful nesting (presence of hatchlings, nests, etc) were determined. We attempted to capture all crocodiles to record standard morphometrics. A total of 586 crocodiles were observed along 185.8km of survey route. The majority of animals encountered (54.9%) were either hatchlings (<0.5m) or juveniles (0.5-1.25m). The average non-hatchling encounter rate per survey for the Pacific coast was 3.1 crocodiles/km, with individual encounter rates ranging from 1.2 crocodiles/km to 4.3 crocodiles/ km in Las Baulas National Park and the Osa Conservation Area respectively. Distribution of size classes within the individual locations did not differ with the exception of Santa Rosa and Las Baulas National Parks, where hatchlings were found in water with lower salinities. These were the first systematic surveys in several of the areas studied and additional work is needed to further characterize the American crocodile population in Costa Rica.

El cocodrilo americano, Crocodylus acutus, se encuentra ampliamente distribuido en el neotrópico Americano y hay pocos estudios publicados sobre el estado de sus poblaciones en la mayor parte de su rango de distribución. Investigamos el estado del Cocodylus acutus en varias ubicaciones a lo largo de la costa del Pacífico de Costa Rica. Se realizaron muestreos nocturnos y de anidación a lo largo de la Costa Pacífica de Costa Rica en cuatro áreas en particular desde 2007-2009,’áreas costeras en los Parque Nacionales de Las Baulas (N=40) y Santa Rosa (N=9), y en el Área de Conservación de la Osa (N=13) y en el curso alto del Parque Nacional de Palo Verde (N=11). Se registraron datos de la ubicación de los cocodrilos y datos ambientales estándar en cada observación. Se determinó la tasa de encuentros, estructura de la población, distribución dentro de cada área y evidencia de anidación exitosa (presencia de neonatos, nidos, etc.). Intentamos capturar todos los cocodrilos para registrar información morfométrica estándar. En total, se observaron 586 cocodrilos a lo largo de 185.8km de ruta de muestreo. La mayoría de los animales encontrados (54.9%) fueron neonatos (<0.5m) o juveniles (0.5-1.25m). La tasa promedio de encuentros por muestreo de no-neonatos en la costa del Pacífico fue de 3.1 cocodrilos/km; con rangos de encuentro de individuos de entre 1.2 a 4.3 cocodrilos/km en el Parque Nacional de Las Baulas y el Área de Conservación Osa. La distribución por clases de tamaño no varió, a excepción de los Parques Nacionales de Santa Rosa y Las Baulas, donde se encontró a los neonatos en aguas con bajas salinidades. Estos fueron los primeros muestreos sistemáticos en varias de las áreas estudiadas y son necesarios trabajos adicionales para caracterizar las poblaciones de cocodrilo Americano en Costa Rica.

Variabilidad genética de poblaciones en cautiverio de Crocodylus moreletii (Crocodylia: Crocodylidae) mediante el uso de marcadores microsatelitales / Genetic variability in captive populations of Crocodylus moreletii (Crocodylia: Crocodylidae) using microsatellites markers

Genetic variability in captive populations of Crocodylus moreletii (Crocodylia: Crocodylidae) using microsatellites markers. Crocodylus moreletii, an extinction threatened species, represents an emblem for tropical ecosystems in Mexico. Surprisingly, there is a lack of information about their genetic constitution, which should be evaluated for a proper management ex situ and for making decisions on the release of crocodiles into natural habitats. The aim of this study was to characterize and compare the genetic variability of four populations of C. moreletii (two wild versus two born ex situ). Through PCR were amplified seven microsatellite polymorphic loci, however a heterozygote deficit, diminished by the presence of null alleles, was found in the populations (average H O=0.02). The AMOVA indicated that the highest proportion of genetic variability is within populations, and a limited genetic differentiation among populations (average F ST=0.03), probably due to high inbreeding index (average F IS=0.97). When comparing the genetic variability between and within other crocodilian species, we found that in C. moreletii is well below those reported. We concluded that the limited genetic variability in ex situ born populations is probably due to a founder effect derived from the social structure of their progenitors, and by the bottleneck effect, inferred by the limited effective population size, that historically characterizes their natural distribution in wild populations.

Crocodylus moreletii representa un emblema para los ecosistemas tropicales de México pero actualmente está amenazada por extinción. Sorprendentemente, hay una falta de información de su constitución genética, que debe ser evaluada para un manejo apropiado ex situ y para toma de decisiones en la liberación de cocodrilos a su hábitat natural. El objetivo del estudio fue caracterizar y comparar la variabilidad genética de cuatro grupos poblacionales de C. moreletii (dos silvestres y dos nacidas ex situ). Mediante PCR se amplificaron siete loci de microsatélites polimórficos, sin embargo se encontró déficit de heterocigotos en las poblaciones (promedio H O=0.02) mermado por la presencia de alelos nulos. El AMOVA indicó que la mayor proporción de variabilidad genética se encuentra dentro de las poblaciones y una limitada diferenciación genética entre poblaciones (promedio F ST =0.03), probablemente debida al alto índice de endogamia (promedio F IS=0.97). Al comparar la variabilidad genética inter e intra especies de cocodrilianos, encontramos que en C. moreletii está muy por debajo de los reportados. Se concluye que la limitada variabilidad genética de las poblaciones nacidas ex situ probablemente se debe al efecto fundador derivado de la estructura social de sus progenitores, y de las poblaciones silvestres, por el efecto cuello de botella, inferido por el limitado tamaño efectivo de población que presentó históricamente en su distribución natural.

Variación genética y flujo de genes entre poblaciones de Crocodylus acutus (Crocodylia: Crocodylidae) en tres ríos del Pacífico Central, Costa Rica

The crocodylid Crocodylus acutus is found in the Central Pacific of Costa Rica only in small populations, and the species is protected by law. RAPD was used to analyze 70 DNA samples of Crocodylus acutus from the rivers Jesus Maria, Tarcoles and Tusubres in the Central Pacific of Costa Rica in order to estimate genetic diversity, differentiation among populations, gene flow and genetic distance between them. Genetic diversity was low in the three rivers, H = 0.2201 in the Jesus Maria river, 0.2358 in the Tarcoles river and 0.2589 in the Tusubres river. Among the three populations there is a metapopulational dynamic (GST = 0.0367), mainly between the populations of the Jesus Maria and Tarcoles rivers. The value of gene flow (Nm = 13.1361) and the number of individuals reported for each river in 2004 suggests that the population of the Tarcoles river is the source and those from Jesus Maria and Tusubres are the drains. There was a direct relationship between the genetic distance and the geographical distance (z =1.1449, r =0.9731, p< 0.0010). A conservation strategy for these crocodiles must consider the existence of the metapopulation between the three rivers and the importance of studying the genetics of the American Crocodile in the rest of the Pacific coast of Costa Rica, as well as over the entire distribution range of this species. Rev. Biol. Trop. 56 (3): 1471-1480. Epub 2008 September 30.

Se utilizó la técnica de ADN Polimórfico Amplificado al Azar (RAPD) para analizar muestras de ADN de 70 individuos de C. acutus provenientes de los ríos Jesús María, Tárcoles y Tusubres en el Pacífico Central de Costa Rica para estimar la diversidad genética, la diferenciación entre poblaciones, el flujo genético y la distancia genética. La diversidad genética fue baja en los tres ríos H = 0.2201 en el río Jesús María, 0.2358 en el río Tárcoles y 0.2589 en el río Tusubres. La diversidad genética para el total de los individuos también fue baja, H = 0.2452. Entre las tres poblaciones hay una dinámica metapoblacional (G ST = 0.0367) principalmente en las poblaciones de los ríos Jesús María y Tárcoles. El valor de flujo genético (Nm = 13.1361) y el número de individuos registrado para cada río por Porras (2004) sugieren que la población del río Tárcoles está cumpliendo el papel de fuente y las de Jesús María y Tusubres constituyen los sumideros. Hubo relación directa entre la distancia genética y la distancia geográfica (z = 1.1449, r = 0.9731, p< 0.0010). Estos resultados indican la necesidad de diseñar una estrategia para la conservación de estos cocodrilos que considere la existencia de la metapoblación entre los tres ríos y también es importante realizar un estudio genético en el resto de la costa Pacífica del Costa Rica y en todo el ámbito de distribución de esta especie.

Distribution patterns, population status and conservation of Melanosuchus niger and Caiman yacare (Crocodylia, Alligatoridae) in oxbow lakes of the Ichilo river floodplain, Bolivia

Caiman yacare (lagarto) and Melanosuchus niger (black caiman), sympatric species in the Bolivian Amazon basin, have been severely overexploited in the past. We present the results of a standardized survey of C. yacare and M. niger populations in order to evaluate their actual population status in twelve oxbow lakes of the Ichilo River floodplain. Additionally we explored the effect of environmental and anthropogenic variables on caiman distribution patterns. The average density of C. yacare and M. niger in the shoreline of floodplain lakes was of 6 and 1 ind/km, respectively. For both species, the population was composed mainly of juvenile individuals. We used regression tree analysis (RTA) to assess patterns of M. niger and C. yacare densities with eight environmental and two anthropogenic variables. The RTA analysis showed that the variation in the densities of both C. yacare (52.4 %) and M. niger (36.8 %) was related to water conductivity. For C. yacare, higher densities occurred at higher values of water conductivity, while M. niger densities followed an opposite trend, resulting in relatively well spatially segregated populations of the two species. After excluding conductivity, Lake-River Distance (LRD) was shown to be the main splitting variable in the RTA analysis. The observed distribution patterns may be the result of the historical post-hunting situation, in combination with differences in habitat selection by the two species, and competitive exclusion processes between the two species. M. niger, a species reported to be recovering slowly from previous low population levels, appears relatively well protected in the Ichilo river floodplain. Rev. Biol. Trop. 56 (2): 909-929. Epub 2008 June 30.

Caiman yacare (lagarto) y Melanosuchus niger (caiman negro), son dos especies simpátricas para la cuenca amazónica Boliviana que han sido severamente sobreexlotadas en el pasado. El objetivo de la presente investigación es el de evaluar el estado actual de su población en doce lagunas meándricas de la planicie del río Ichilo. Se realizaron conteos nocturnos de ambas especies entre octubre y diciembre de 1999 y diciembre del año 2000. La perturbación antropogénica fue medida como el número de días por año por pescador que visitan las lagunas. El promedio de individuos observados en las orillas de las lagunas estudiadas fue de de 6 ind./km para C. yacare y de 1 ind./km para M. Níger. Para ambas especies la población estuvo compuesta mayormente por jóvenes. Los análisis de correspondencia canónica (CCA) separaron las lagunas que se encontraron cerca del río, dominadas por C. yacare, de las remotas, dominadas por M. níger. El "Análisis de Árboles de Regresión" (RTA por las siglas en inglés) de ocho variables ambientales y dos antropogénicas explicó un 52.4% de la variación de la densidad de C. yacare y un 36% de M. niger con la conductividad del agua. La alta conductividad coincidió con densidades mayores de C. yacare (lo opuesto para M. niger). Si se excluye la conductividad, la distancia de la laguna al río es el principal predictor. Factores históricos y humanos podrían estar jugando un papel importante en los patrones de distribución y abundancia de ambas especies en combinación con diferencias en la selección de habitats y/o procesos de competición exclusiva entre las dos especies. La especie M. niger se recupera muy lentamente de los bajos niveles de densidad poblacional previos y está protegida en lagunas alejadas del canal principal del Río.

Cloning and sequencing of complete tau-crystallin cDNA from embryonic lens of Crocodylus palustris.

tau-Crystallin is a taxon-specific structural protein found in eye lenses. We present here the cloning and sequencing of complete tau-crystallin cDNA from the embryonic lens of Crocodylus palustris and establish it to be identical to the a-enolase gene from non-lenticular tissues. Quantitatively, the tau-crystallin was found to be the least abundant crystallin of the crocodilian embryonic lenses. Crocodile tau-crystallin cDNA was isolated by RT-PCR using primers designed from the only other reported sequence from duck and completed by 5'- and 3'-rapid amplification of cDNA ends (RACE) using crocodile gene specific primers designed in the study. The complete tau-crystallin cDNA of crocodile comprises 1305 bp long ORF and 92 and 409 bp long untranslated 5'- and 3'-ends respectively. Further, it was found to be identical to its putative counterpart enzyme a-enolase, from brain, heart and gonad, suggesting both to be the product of the same gene. The study thus provides the first report on cDNA sequence of tau-crystallin from a reptilian species and also re-confirms it to be an example of the phenomenon of gene sharing as was demonstrated earlier in the case of peking duck. Moreover, the gene lineage reconstruction analysis helps our understanding of the evolution of crocodilians and avian species.

Distribution and abundance of four caiman species (Crocodylia: Alligatoridae) in Jaú National Park, Amazonas, Brazil

Jaú National Park is a large rain forest reserve that contains small populations of four caiman species. We sampled crocodilian populations during 30 surveys over a period of four years in five study areas. We found the mean abundance of caiman species to be very low (1.0 +/- 0.5 caiman/km of shoreline), independent of habitat type (river, stream or lake) and season. While abundance was almost equal, the species' composition varied in different waterbody and study areas. We analysed the structure similarity of this assemblage. Lake and river habitats were the most similar habitats, and inhabited by at least two species, mainly Caiman crocodilus and Melanosuchus niger. However, those species can also inhabit streams. Streams were the most dissimilar habitats studied and also had two other species: Paleosuchus trigonatus and P. palpebrosus. The structure of these assemblage does not suggest a pattern of species associated and separated by habitat. Trends in species relationships had a negative correlation with species of similar size, C. crocodilus and P. trigonatus, and an apparent complete exclusion of M. niger and P. trigonatus. Microhabitat analysis suggests a slender habitat partitioning. P. trigonatus was absent from river and lake Igapó (flooded forest), but frequent in stream Igapó. This species was the most terrestrial and found in microhabitats similar to C. crocodilus (shallow waters, slow current). Melanosuchus niger inhabits deep, fast moving waters in different study areas. Despite inhabiting the same waterbodies in many surveys, M. niger and C. crocodilus did not share the same microhabitats. Paleosuchus palpebrosus was observed only in running waters and never in stagnant lake habitats. Cluster analysis revealed three survey groups: two constitute a mosaic in floodplains, (a) a cluster with both M. niger and C. crocodilus, and another (b) with only C. crocodilus. A third cluster (c) included more species, and the presence of Paleosuchus species. There was no significant difference among wariness of caimans between disturbed and undisturbed localities. However, there was a clear trend to increase wariness during the course of consecutive surveys at four localities, suggesting that we, more than local inhabitants, had disturbed caimans. The factors that are limiting caiman populations can be independent of human exploitation. Currently in Amazonia, increased the pressure of hunting, habitat loss and habitat alteration, and there is no evid